01:16
-7 C°
Пробки:   1
$
73.9735
89.3304

Следить за мутациями – с первой отечественной тест-системой для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2

4 декабря 2020 года
1889
Следить за мутациями – с первой отечественной тест-системой для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2

Компания Parseq Lab (Санкт-Петербург) при сотрудничестве с ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России разработала первую отечественную тест-систему для секвенирования полного генома коронавируса SARS-Cov-2.

Высокотехнологичное решение позволит наблюдать за изменениями генома вируса и оперативно реагировать на них. Разработка проводилась в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов (CoRGI).

По всему миру продолжают выявлять случаи заражения вирусом SARS-CoV-2, вызывающим COVID-19. Когда вирус активно распространяется, он непрерывно мутирует – поэтому ключевую роль в борьбе играют научные исследования. Ведь изменения генома вируса оказывают прямое влияние как на эффективность создаваемых вакцин и используемых методов диагностики и лечения, так и на его вирулентность и трансмиссивность. Контролировать ситуацию помогут грамотный мониторинг генетических изменений и своевременная передача данных в общую международную базу EpiCoV GISAID.

На сегодняшний день стандартным способом диагностики COVID-19 остаётся метод полимеразной цепной реакции (ПЦР). В ходе ПЦР нарабатываются специфические короткие участки вирусного генома – таким образом можно определить присутствует ли в исследуемом образце вирус.  Высокоспецифичные ПЦР тест-системы были разработаны благодаря данным, полученным в результате расшифровки генома возбудителя методом секвенирования. Способ позволяет определять последовательность нуклеотидов в геноме вируса, что делает высокопроизводительное секвенирование нового поколения (NGS, MPS) незаменимым методом для исследования изменчивости SARS-CoV-2.

Секвенирование генома вируса является важной прикладной задачей: так, в 2020 году Центр по контролю и профилактике заболеваний США выделил на поддержку программы секвенирования SARS-CoV-2 почти 9 миллионов долларов. Кроме финансовой поддержки, центр официально рекомендовал использовать метод для подтверждения случаев повторного заражения.

В России исследования геномов коронавируса также проводятся – в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов.  Объединение было создано летом 2020 года по инициативе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России. Сегодня данные собираются из 36 регионов России и добавляются в международную базу данных EpiCov GISAID.

Среди наиболее популярных и часто используемых протоколов секвенирования – ARTIC Network. Однако из-за того, что протокол опирается на реагенты зарубежных производителей с длительными сроками поставки, существенно страдает оперативность проведения подобных исследований. К тому же ARTIC Network несовершенен – глубина покрытия генома SARS-CoV-2 зачастую оказывается неравномерной, что снижает качество данных о некоторых областях.

«Тест-система Parseq Lab за счет использования большего количества более коротких ампликонов по сравнению с ARTIC Network позволяет добиться более равномерного покрытия генома. Следует отметить, что на запуск с одним и тем же объемом данных тест-система Parseq Lab позволяет проанализировать больше образцов», – отмечает Андрей Комиссаров, заведующий лабораторией молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России.

При разработке новой тест-системы компания Parseq Lab ставила цель максимально покрыть геном вируса SARS-Cov-2 и стандартизировать анализ данных. Для этого необходимо было создать набор реагентов и разработать специальное программное обеспечение для обработки данных. В поиск решения включились молекулярные генетики, биоинформатики и программисты. Итогом стала новая тест-система VariFind™ SARS-Cov-2 assay, которая была опробована на базе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева». Новое высокотехнологичное решение показало практически полное и равномерное покрытие всего генома вируса и позволило в 2 раза увеличить количество одновременно анализируемых образцов, сократив временные затраты на анализ.

Для работы с геномом SARS-Cov-2 было решено использовать адаптированное программное обеспечение (ПО) VariFind™ Software. Ранее его использовали в тест-системах Parseq Lab для анализа данных генома человека. За это время программное обеспечение показало себя качественным и надёжным. VariFind™ Software позволяет выравнивать результаты секвенирования на референсный геном изолята Wuhan-Hu-1 и обнаруживать мутации в исследуемых образцах. ПО поможет существенно облегчить труд учёных по обработке данных и подвести анализ под единые алгоритмы и стандарты. Такое решение должно поспособствовать внедрению секвенирования нового поколения геномов SARS-CoV-2 в различные научные и диагностические учреждения и лаборатории России.

 

Метки: Parseq Lab

Обсуждение

Пресс-релизы по теме

Смотреть все

Свежие пресс-релизы

Смотреть все
Ищем ПАРТНЕРОВ в регионах РФ (франчайзинг)
4 марта 2019
15071
Приглашаем к партнёрству (франчайзинг). Создайте уникальный бизнес портал в своём регионе! У вас есть возможность приобрести готовый бизнес с месячной прибылью более 250 тыс.руб после выхода на полный объём продаж, при первоначальных затратах от 100
Состоялась рабочая встреча Владимира Путина и Алексея Миллера
20 января 2021
48
Состоялась рабочая встреча Президента Российской Федерации Владимира Путина и Председателя Правления ПАО «Газпром» Алексея Миллера. Алексей Миллер проинформировал Владимира Путина о работе «Газпрома» по развитию газоснабж
Металлоинвест улучшил ESG-рейтинг EcoVadis и снизил процентную ставку по линии «зеленого» финансирования ING
20 января 2021
86
Металлоинвест («Компания»), ведущий производитель и поставщик железорудной продукции и горячебрикетированного железа на мировом рынке, один из региональных производителей высококачественной стали, сообщает о присвоении 65 баллов в рамках
Исследование «Ингосстраха» и Финансового университета: в 2021 году спрос на страховые услуги может вырасти на 13%
19 января 2021
313
Компания «Ингосстрах» и Финансовый университет при Правительстве РФ проанализировали спрос россиян на различные виды страхования. Основой для исследования стал регулярный социологический мониторинг, проводимый Финансовым университетом в г
DOOGEE S88 Plus 2021 года: новая инкарнация мощного брутального смартфона в стиле “милитари”
19 января 2021
320
Брутальный смартфон с “морпеховским” дизайном, выполненный в ударопрочном корпусе с экраном из закаленного стекла и способный противостоять любым вызовам внешней среды, получил новое техническое переосмысление. DOOGEE S88 Plus &ndas
Лучшие пресс-службы
Ингосстрах
Новостей: 484
ВТБ
Новостей: 84
Почта России
Новостей: 82
Сбербанк
Новостей: 71
Ростелеком
Новостей: 62
Промсвязьбанк
Новостей: 59
Билайн
Новостей: 53
Аэрофлот
Новостей: 50

ПРЕСС-РЕЛИЗЫ САНКТ-ПЕТЕРБУРГА


Пресс-релизы Глобал78.ру – это актуальные новости от санкт-петербургских компаний.
На ресурсе регулярно публикуются официальные пресс-релизы компаний Санкт-Петербурга и Ленинградской области. Узнать самые свежие новости предприятий можно в соответствующем разделе на главной странице. Размещение пресс-релизов — традиционный и действенный способ продвижения вашего бизнеса. Он позволяет организациям заявить о себе и своих товарах и услугах максимально широкой массе аудитории. При этом информационный повод может быть любым: привлечение людей на мероприятие или конференцию, освещение новых товаров или кадровые назначения. Если вы ставите цель привлечь внимание к своей информации, то Глобал78.ру станет вашим надежным помощником в данном деле. Благодаря порталу ваш пресс-релиз увидят обозреватели ведущих интернет-изданий, клиенты и партнеры.
Глобал78.ру дает возможности представителям компаний и организаций в Санкт-Петербурге и Ленинградской области самостоятельно разместить пресс-релиз при регистрации на ресурсе. Самая главная особенность Глобал78.ру в том, что все публикации санкт-петербургских компаний попадают в архивы и будут доступны из поиска длительное время. Вам достаточно лишь добавить пресс-релиз в информационную ленту.
Глобал78.ру предлагает своим клиентам абонементское обслуживание, которое позволяет компаниям регулярно публиковать пресс-релизы на выгодных условиях. Кроме того, бизнес портал дает возможность более полно рассказать о жизни компании благодаря добавлению фото и видеоматериалов, персон и цитат сотрудников. Все информационные материалы обладают активными ссылками и приведут потенциальных клиентов на ваш ресурс.
Потапова Алена

Директор по развитию
Следуйте за нами